Hi All,
I would like to have some hints on how to plot in R a chart similar to the one attached.
It is a figure from a Journal article of mine (JOURNAL OF QUATERNARY SCIENCE (2013) 28(6) 630–640; ISSN 0267-8179. DOI: 10.1002/jqs.2659). I made it with JMP.
The problem is that I would like to make something similar in R (ggplot2?), by the main issue for me is the fact that I am dealing with calendar dates, and I do not know how to tackle this issue in R.
The chart is actually plotting the probability density for the radiocarbon calendar dates for 4 different archaeological sites. The data on which is based are provided by a program used for Bayesian radiocarbon dating.
The program returns a file with two columns: one for the calendar date, one for the probability of each date. A third column could be used for a grouping variable, in case of more than 1 site.
In JMP it is quite straightforward to make the chart; but with R I am lost...
How is it possible to chart calendar dates on the x axis ?
Any help is appreciated.
Regards
Gm
p.s.
sample dataset
I would like to have some hints on how to plot in R a chart similar to the one attached.
It is a figure from a Journal article of mine (JOURNAL OF QUATERNARY SCIENCE (2013) 28(6) 630–640; ISSN 0267-8179. DOI: 10.1002/jqs.2659). I made it with JMP.
The problem is that I would like to make something similar in R (ggplot2?), by the main issue for me is the fact that I am dealing with calendar dates, and I do not know how to tackle this issue in R.
The chart is actually plotting the probability density for the radiocarbon calendar dates for 4 different archaeological sites. The data on which is based are provided by a program used for Bayesian radiocarbon dating.
The program returns a file with two columns: one for the calendar date, one for the probability of each date. A third column could be used for a grouping variable, in case of more than 1 site.
In JMP it is quite straightforward to make the chart; but with R I am lost...
How is it possible to chart calendar dates on the x axis ?
Any help is appreciated.
Regards
Gm
p.s.
sample dataset
Code:
dates prob site
-1669,5 0,000006592 A
-1664,5 0,000008077 A
-1659,5 0,000010774 A
-1654,5 0,000013171 A
-1649,5 0,000013089 A
-1644,5 0,000014846 A
-1639,5 0,000020908 A
-1634,5 0,000025552 A
-1629,5 0,000030524 A
-1624,5 0,0000333 A
-1619,5 0,00003883 A
-1614,5 0,0000498 A
-1609,5 0,00006008 A
-1604,5 0,0000779 A
-1599,5 0,00009127 A
-1594,5 0,00011045 A
-1589,5 0,00013803 A
-1584,5 0,00016183 A
-1579,5 0,00020962 A
-1574,5 0,00024032 A
-1569,5 0,00029564 A
-1564,5 0,0003831 A
-1559,5 0,0005092 A
-1554,5 0,0006705 A
-1549,5 0,0008538 A
-1544,5 0,0011448 A
-1539,5 0,0014985 A
-1534,5 0,0020447 A
-1529,5 0,0027548 A
-1524,5 0,003599 A
-1519,5 0,004628 A
-1514,5 0,005829 A
-1509,5 0,007203 A
-1504,5 0,0088 A
-1499,5 0,010631 A
-1494,5 0,012035 A
-1489,5 0,012699 A
-1484,5 0,012967 A
-1479,5 0,01296 A
-1474,5 0,01316 A
-1469,5 0,013552 A
-1464,5 0,013621 A
-1459,5 0,013222 A
-1454,5 0,011972 A
-1449,5 0,010188 A
-1444,5 0,007949 A
-1439,5 0,005573 A
-1434,5 0,003478 A
-1429,5 0,0019968 A
-1424,5 0,0011756 A
-1419,5 0,0006661 A
-1414,5 0,0003989 A
-1409,5 0,00018489 A
-2824,5 2,07E-03 B
-2819,5 5,23E-04 B
-2814,5 1,03E-03 B
-2809,5 3,10E-03 B
-2804,5 6,26E-07 B
-2799,5 2,07E-03 B
-2794,5 3,10E-03 B
-2789,5 2,07E-03 B
-2784,5 8,33E-04 B
-2779,5 3,10E-03 B
-2774,5 2,07E-03 B
-2769,5 1,03E-03 B
-2764,5 4,19E-04 B
-2759,5 5,23E-04 B
-2754,5 1,03E-03 B
-2749,5 1,03E-03 B
-2744,5 1,03E-03 B
-2739,5 3,10E-03 B
-2734,5 3,10E-03 B
-2729,5 0 B
-2724,5 1,03E-03 B
-2719,5 0 B
-2714,5 4,19E-04 B
-2709,5 3,10E-03 B
-2704,5 2,07E-03 B
-2699,5 3,10E-03 B
-2694,5 3,10E-03 B
-2689,5 3,10E-03 B
-2684,5 2,07E-03 B
-2679,5 4,19E-04 B
-2674,5 2,07E-03 B
-2669,5 3,10E-03 B
-2664,5 4,19E-04 B
-2659,5 6,26E-07 B
-2654,5 0 B
-2649,5 4,19E-04 B
-2644,5 3,10E-03 B
-2639,5 4,19E-04 B
-2634,5 4,19E-04 B
-2629,5 1,03E-03 B
-2624,5 3,10E-03 B
-2619,5 5,23E-04 B
-2614,5 6,26E-07 B
-2609,5 2,07E-03 B
-2604,5 5,23E-04 B
-2599,5 2,07E-03 B
-2594,5 1,03E-03 B
-2589,5 8,33E-04 B
-2584,5 3,10E-03 B
-2579,5 5,23E-04 B
-2574,5 5,23E-04 B
-2569,5 1,03E-03 B
-2564,5 8,33E-04 B
-2559,5 7,30E-04 B
-2554,5 6,26E-07 B
-2549,5 3,10E-03 B
-2544,5 4,19E-04 B
-2539,5 5,23E-04 B
-2534,5 4,19E-04 B
-2529,5 5,23E-04 B
-2524,5 3,10E-03 B
-2519,5 5,23E-04 B
-2514,5 4,19E-04 B
-2509,5 9,36E-04 B
-2504,5 4,19E-04 B
-2499,5 4,19E-04 B
-2494,5 3,10E-03 B
-2489,5 8,33E-04 B
-2484,5 4,19E-04 B
-2479,5 8,33E-04 B
-2474,5 4,19E-04 B
-2469,5 1,03E-03 B
-2464,5 3,10E-03 B
-2459,5 4,19E-04 B
-2454,5 5,23E-04 B
-2449,5 2,07E-03 B
-2444,5 5,23E-04 B
-2439,5 5,23E-04 B
-2434,5 9,36E-04 B
-2429,5 4,19E-04 B
-2424,5 4,19E-04 B
-2419,5 6,26E-07 B
-2414,5 5,23E-04 B
-2409,5 6,26E-07 B
-2404,5 6,26E-07 B
-2399,5 6,26E-07 B
-2394,5 4,19E-04 B
-2389,5 1,0399E-006 B
-2384,5 1,0399E-006 B
-2379,5 4,19E-04 B
-2374,5 7,30E-04 B
-2369,5 7,30E-04 B
-2364,5 5,23E-04 B
-2359,5 8,33E-04 B
-2354,5 8,33E-04 B
-2349,5 1,3555E-006 B
-2344,5 6,26E-07 B
-2339,5 1,1485E-006 B
-2334,5 7,30E-04 B
-2329,5 0,000001252 B
-2324,5 8,33E-04 B
-2319,5 9,36E-04 B
-2314,5 1,1433E-006 B
-2309,5 1,0399E-006 B
-2304,5 0,000001252 B
-2299,5 0,000001252 B
-2294,5 2,3953E-006 B
-2289,5 1,1485E-006 B
-2284,5 1,3555E-006 B
-2279,5 1,4589E-006 B
-2274,5 2,1884E-006 B
-2269,5 1,0399E-006 B
-2264,5 4,19E-04 B
-2259,5 2,3953E-006 B
-2254,5 9,36E-04 B
-2249,5 1,9815E-006 B
-2244,5 1,7693E-006 B
-2239,5 2,4988E-006 B
-2234,5 2,0849E-006 B
-2229,5 1,9815E-006 B
-2224,5 2,1884E-006 B
-2219,5 2,1884E-006 B
-2214,5 1,3555E-006 B
-2209,5 2,2919E-006 B
-2204,5 1,0399E-006 B
-2199,5 1,7693E-006 B
-2194,5 0,000003228 B
-2189,5 1,7693E-006 B
-2184,5 2,3953E-006 B
-2179,5 1,7693E-006 B
-2174,5 2,7109E-006 B
-2169,5 2,0849E-006 B
-2164,5 2,1884E-006 B
-2159,5 2,9179E-006 B
-2154,5 3,1248E-006 B
-2149,5 2,7109E-006 B
-2144,5 2,8144E-006 B
-2139,5 2,7109E-006 B
-2134,5 0,00000344 B
-2129,5 0,000003958 B
-2124,5 3,0213E-006 B
-2119,5 0,000003647 B
-2114,5 0,000003544 B
-2109,5 0,000003958 B
-2104,5 0,000005003 B
-2099,5 0,000003751 B
-2094,5 0,00000344 B
-2089,5 0,00000344 B
-2084,5 0,000003751 B
-2079,5 0,000005106 B
-2074,5 0,00000552 B
-2069,5 0,000006669 B
-2064,5 0,000004687 B
-2059,5 0,000006146 B
-2054,5 0,00000552 B
-2049,5 0,000005624 B
-2044,5 0,000003958 B
-2039,5 0,000004899 B
-2034,5 0,000004687 B
-2029,5 0,00000448 B
-2024,5 0,000005417 B
-2019,5 0,00000521 B
-2014,5 0,000006565 B
-2009,5 0,000005629 B
-2004,5 0,000006565 B
-1999,5 0,000006043 B
-1994,5 0,000008438 B
-1989,5 0,00000865 B
-1984,5 0,000008231 B
-1979,5 0,000009897 B
-1974,5 0,000007812 B
-1969,5 0,000009586 B
-1964,5 0,000009064 B
-1959,5 0,000011563 B
-1954,5 0,000011045 B
-1949,5 0,000009374 B
-1944,5 0,000008857 B
-1939,5 0,000010942 B
-1934,5 0,000010626 B
-1929,5 0,000013441 B
-1924,5 0,000014377 B
-1919,5 0,000014067 B
-1914,5 0,000013022 B
-1909,5 0,000013337 B
-1904,5 0,00001594 B
-1899,5 0,000014688 B
-1894,5 0,000015733 B
-1889,5 0,000015526 B
-1884,5 0,000017818 B
-1879,5 0,000022194 B
-1874,5 0,000021149 B
-1869,5 0,000019276 B
-1864,5 0,000020001 B
-1859,5 0,000021568 B
-1854,5 0,000023027 B
-1849,5 0,000026152 B
-1844,5 0,000026462 B
-1839,5 0,00003407 B
-1834,5 0,000030524 B
-1829,5 0,000035 B
-1824,5 0,00003167 B
-1819,5 0,00003522 B
-1814,5 0,00003646 B
-1809,5 0,00003855 B
-1804,5 0,00003959 B
-1799,5 0,00004418 B
-1794,5 0,0000473 B
-1789,5 0,00005126 B
-1784,5 0,0000522 B
-1779,5 0,0000548 B
-1774,5 0,00005657 B
-1769,5 0,00006074 B
-1764,5 0,0000573 B
-1759,5 0,00006772 B
-1754,5 0,00006657 B
-1749,5 0,00007793 B
-1744,5 0,00007168 B
-1739,5 0,00007689 B
-1734,5 0,00008648 B
-1729,5 0,0000848 B
-1724,5 0,00009679 B
-1719,5 0,00010085 B
-1714,5 0,00011648 B
-1709,5 0,00011387 B
-1704,5 0,00012752 B
-1699,5 0,00013367 B
-1694,5 0,00014638 B
-1689,5 0,00014461 B
-1684,5 0,00015117 B
-1679,5 0,00016607 B
-1674,5 0,00017003 B
-1669,5 0,00018649 B
-1664,5 0,00017888 B
-1659,5 0,00020837 B
-1654,5 0,00022014 B
-1649,5 0,00023264 B
-1644,5 0,00024056 B
-1639,5 0,00026161 B
-1634,5 0,00029442 B
-1629,5 0,0003231 B
-1624,5 0,0003187 B
-1619,5 0,0003336 B
-1614,5 0,0003764 B
-1609,5 0,0003985 B
-1604,5 0,0004431 B
-1599,5 0,0004504 B
-1594,5 0,0004956 B
-1589,5 0,0005266 B
-1584,5 0,0005724 B
-1579,5 0,0006123 B
-1574,5 0,0006592 B
-1569,5 0,0007033 B
-1564,5 0,0007509 B
-1559,5 0,0008106 B
-1554,5 0,0008934 B
-1549,5 0,0009358 B
-1544,5 0,0009987 B
-1539,5 0,0011179 B
-1534,5 0,0012024 B
-1529,5 0,0013187 B
-1524,5 0,0014093 B
-1519,5 0,0015659 B
-1514,5 0,0016589 B
-1509,5 0,0017676 B
-1504,5 0,0019496 B
-1499,5 0,0021323 B
-1494,5 0,0022801 B
-1489,5 0,0023411 B
-1484,5 0,002507 B
-1479,5 0,0027229 B
-1474,5 0,0028387 B
-1469,5 0,0030357 B
-1464,5 0,003263 B
-1459,5 0,003509 B
-1454,5 0,003735 B
-1449,5 0,004069 B
-1444,5 0,004223 B
-1439,5 0,004461 B
-1434,5 0,004785 B
-1429,5 0,004897 B
-1424,5 0,004994 B
-1419,5 0,005062 B
-1414,5 0,005134 B
-1409,5 0,005106 B
-1404,5 0,005174 B
-1399,5 0,005048 B
-1394,5 0,004985 B
-1389,5 0,004902 B
-1384,5 0,004888 B
-1379,5 0,004844 B
-1374,5 0,004814 B
-1369,5 0,00474 B
-1364,5 0,004588 B
-1359,5 0,004551 B
-1354,5 0,004453 B
-1349,5 0,004202 B
-1344,5 0,004184 B
-1339,5 0,003915 B
-1334,5 0,003701 B
-1329,5 0,00346 B
-1324,5 0,003254 B
-1319,5 0,0029803 B
-1314,5 0,0027911 B
-1309,5 0,0025808 B
-1304,5 0,0025583 B
-1299,5 0,0023674 B
-1294,5 0,0020454 B
-1289,5 0,0017832 B
-1284,5 0,0016215 B
-1279,5 0,0013817 B
-1274,5 0,001173 B
-1269,5 0,0008482 B
-1264,5 0,0007464 B
-1259,5 0,0004251 B
-1254,5 0,00031495 B
-1249,5 0,00024087 B
-1244,5 0,00022628 B
-1239,5 0,00027098 B
-1234,5 0,0003194 B
-1229,5 0,00027858 B
-1224,5 0,00020951 B
-1219,5 0,00011721 B
-1214,5 0,00006886 B
-1209,5 0,000017192 B
-1204,5 0,000013022 B
Last edited: